乳酪在生產(chǎn)過程中，如果加工方法不當(dāng)，消毒不徹底，處置不衛(wèi)生，又沒有加鹽或鹽量過低，貯藏的環(huán)境不良等，都可能被微生物污染并大量生長繁殖而引起乳酪不同程度的敗壞。乳酪可因不同微生物的作用而發(fā)生下述變質(zhì)現(xiàn)象：
1、發(fā)霉 霉菌在乳酪表面生長繁殖，引起發(fā)霉并呈現(xiàn)霉菌菌落的各種顏色。
2、變味 由于魚桿菌與乳卵菌分解乳酪脂肪的卵磷脂，產(chǎn)生三甲胺，發(fā)生魚腥味。也有一些雜菌能引起腐敗味、麥芽味、苦味、金屬味等。
3酸敗 熒光假單胞菌、靈桿菌、乳卵菌、枝孢菌等，能產(chǎn)生脂肪酶和蛋白酶，將脂肪水解產(chǎn)生酪酸和已酸等脂肪酸，使乳酪發(fā)生酸敗現(xiàn)象，散發(fā)出酸臭氣味。
4、變色 有些產(chǎn)色素的細(xì)菌，能使乳酪變色。如玫瑰紅球菌使乳酪變成粉紅色，紫色產(chǎn)色菌或牛酪產(chǎn)色桿菌使乳酪變成紫色，黑色單胞菌使乳酪產(chǎn)生黑色，熒光假單細(xì)胞菌可使其變?yōu)榫G色。
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